انتخاب رهبر، پس از برکناری آیت‌الله منتظری از قائم‌مقامی رهبری توسط امام‌خمینی در فروردین 68، مباحث زیادی در بین خبرگان و مسئولین کشور درباره رهبری آینده در جریان بود. با اوج‌گیری بیماری امام در اردیبهشت 68، بحث جانشینی ایشان هرچه بیشتر در کشور مطرح شد.
14خرداد 1368 مهم‌ترین روز مجلس خبرگان رهبری بود و بحث انتخاب رهبری آینده در این جلسه مطرح شد. جلسات خبرگان را در این روز می‌توان به سه مقطع تقسیم کرد. در مقطع اول، وصیت‌نامه حضرت امام توسط آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس‌جمهور وقت، قرائت شد. در مقطع دوم، پیرامون برکناری آقای منتظری بحث و رأی‌گیری شد و در مقطع سوم، بحث شورایی یا فردی‌بودن رهبری مطرح و در نهایت گزینه مطلوب خبرگان انتخاب شد.
در این مقطع بیشترین بحث حول موضوع فردی یا شورایی‌بودن رهبری و لزوم انتخاب یکی از مراجع یا کفایت انتخاب یکی از مجتهدین بود که اعضا نظرات خود را بیان کردند. از بین این نطق‌های اعضا تاحدود زیادی برای شورای رهبری اتفاق‌نظر بر روی آقایان مشکینی، خامنه‌ای، هاشمی و بود، در ادامه هشت نفر در رابطه با شورایی یا انفرادی نطق کردند اما یکی از مهم‌ترین نطق‌ها در مخالف با شورای رهبری توسط آیت‌الله جنتی ایراد می‌شود. ایشان با استدلال به نظر امام که رهبری فردی را اولویت می‌دانستند، و بلاخره پیشنهاد شورای رهبری رد می‌شود.
با رد نظریه شورای رهبری، نام آیت‌الله خامنه‌ای توسط برخی از اعضای خبرگان مطرح می‌شود. با مطرح‌شدن این موضوع، آقای هاشمی به نقل خاطراتی می‌پردازند که حضرت امام صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای را برای رهبری آینده نظام تأیید کرده بود. این سه خاطره- که بارها از صدا و سیما پخش شده است- یکی مربوط به جلسه سران قوا با امام خمینی، دیگری مربوط به جلسه خصوصی آقای هاشمی با امام و سومی مربوط به سفر آیت‌الله خامنه‌ای به کره شمالی است که در هر سه خاطره، حضرت امام بر صلاحیت و کفایت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری جمهوری اسلامی صحه می‌گذارند.
اما اولین و شدیدترین واکنش نسبت به موضوع رهبری آیت‌الله خامنه‌ای، توسط خود ایشان اتخاذ می‌شود. ایشان بلافاصله پس از مطرح شدن نامشان و بدون گرفتن نوبت قبلی به ایراد نطقی پرشور می‌پردازند و نسبت به رهبری خودشان مخالفت می‌کنند. ایشان در این نطق می‌فرمایند: «من قطعا چنین چیزی را قبول نخواهم کرد. حالا غیر از اینکه خود من حقیقتاً لایق این مقام نیستم و این را بنده می‌دانم- شاید آقایان هم می‌دانید- اصلاً از لحاظ فنی، اشکال پیدا می‌کند این قضیه رهبری، رهبری صوری خواهد بود و نه رهبری واقعی. خوب من نه از لحاظ قانون اساسی و نه از لحاظ شرعی، برای بسیاری از آقایان، حرفم حجیت حرف رهبر را ندارد؛ این چه رهبری خواهد بود؟... همین آقای آذری که اسم بنده را اول بار آوردند در جلسه، بنده اگر حکم بکنم، قبول خواهند کرد؟»
در نهایت و با اعلام آقای هاشمی، رأی‌گیری برای رهبری آیت‌الله خامنه‌ای انجام شد و 60 نفر از 74 اعضای حاضر در مجلس خبرگان به ایشان رأی دادند. این تعداد برابر با حدود 81 درصد از حاضران و 72 درصد کل اعضای خبرگان بود.